El videojuego es principalmente de lucha, en el que se podrá combatir tal y como se ve en la película, pero también cuenta con fases de conducción o disparar desde el coche (según se juegue con Niobe o con Ghost) y con un modo de hacker en el que se puede interactuar con otros personajes como Trinity o Spark (operador de la nave Logos).

Después de ser perseguido por agentes, Ghost y Niobe escapan de Matrix con el mensaje, que resulta ser una advertencia para la ciudad humana Zion, en el cual se explica que las máquinas se acercan con un ejército de Centinelas.

Al encontrar la nave y su tripulación, apoyando a escapar de Matrix, Niobe y Ghost acuerdan ayudar en la misión de Neo contra las máquinas, por lo que deberán destruir una central eléctrica.

Una vez finalizada la misión, el Oráculo, un programa que da a menudo el consejo a seres humanos, solicita al personaje del jugador hablar con ella.

Ellos derrotan a las máquinas mediante la activación de un PEM, lo que deshabilita su propia nave en el proceso.