Sion evidencia su estado de alerta, se ven preparativos en la torre de control (se ven técnicos instalando cañones-centinela) y en los muelles las APU (Armored Personnal Unit) patrullan las pasarelas mientras otras controlan que ningún centinela pase por las puertas.

Trinity explica a Neo que en realidad hay otro factor de enemistad entre Morfeo y Lock: la capitana Niobe, que antes mantenía una relación sentimental con Morfeo y ahora está con Lock.

No son ellos los únicos que muestran disparidad de opiniones respecto a la Profecía y el papel del Elegido.

Link, operador de la Nabucodonosor, empieza a creer en lo que dice Morfeo tras haber visto a Neo en acción, pero su pareja, Zee, no cree en nada de eso y tiene miedo porque sus dos hermanos, Tank y Dozer, murieron prestando servicio en la Nabucodonosor (Dozer fue asesinado por Cypher en la primera película).

Zee no quiere que Link siga en esa nave, pero Link hizo una promesa (no se especifica a quién se la hizo, suponemos que a Tank) y ha de cumplirla.

Neo va al lugar estipulado por el Oráculo y se encuentra con su guardián, Seraph, que lo obliga a combatir contra él para cerciorarse de que realmente es Neo y no un impostor.

Seraph abre una puerta trasera, un backdoor o atajo creado por los programadores de Matrix para conectar en secreto dos lugares distantes entre sí.

A través de esta puerta, Neo llega hasta el Oráculo y mantiene una conversación con ella.

El propio Oráculo es un programa que forma parte de Matrix.

Se sintió obligado a permanecer oculto en Matrix para sobrevivir, y por eso ya no es un agente ni tiene el auricular propio de los mismos.

Sin embargo, ahora su existencia carece de objetivo y razón de ser, ya que tales cosas desaparecieron cuando Neo lo destruyó y él se negó a volver a la Fuente.

El combate termina en empate, ya que Smith no logra vencer a Neo pero este se ve obligado a huir al acumularse más y más clones de Smith y verse superado.

Los capitanes Soren y Niobe se ofrecen voluntarios para dicha misión.

Trinity consigue despistar a la policía y Morfeo derrota a los Gemelos, pero Morfeo y el Creador de Llaves se ven atrapados por los Agentes, siendo salvados en el último momento por la intervención de Neo.

Mientras preparan el plan, los centinelas descubren la nave del capitán Soren.

Los dos miembros de la tripulación que han quedado de guardia en la nave sufren un accidente en su interior y mueren, no pudiendo avisar a sus compañeros en Matrix ni mover la nave.

Para evitarlo, Trinity entra en Matrix para cumplir la misión y acabar con la central auxiliar.

Con la llave que este había dejado preparada, Neo consigue abrir la puerta final a la Fuente mientras Morfeo sale de Matrix y descubre que Trinity ha sido sorprendida por un agente y está luchando contra él.

A pesar de los intentos, el Arquitecto no había podido evitar que dicho error siguiera apareciendo periódicamente.

Por otro, se creó la Profecía, cuyo objetivo era guiar al Elegido hasta el lugar en el que Neo se encontraba, para ofrecerle una falsa elección: podía elegir entre regresar a la Fuente y "entregar allí su código fuente" (lo que implica la muerte del Elegido) escogiendo a las 23 personas de Matrix que serían despertadas y liberadas, reconstruyendo Sion y pasando a liderar la nueva Resistencia; o bien elegir no seguir con el proceso, con lo cual se produciría un fallo grave en Matrix que implicaría finalmente la muerte de todos los seres humanos conectados, lo que unido a la destrucción de Sion implicaba la desaparición de toda la especie humana.

Esto suponía un problema también para las máquinas, ya que se quedarían sin su principal fuente de energía, pero el Arquitecto afirmaba que estaban preparados para sobrevivir a eso.

Eso implicaba un ciclo periódico: aparecía un Elegido, se unía a la Resistencia, la Profecía lo guiaba a través del Oráculo hasta la trampa en la que no le quedaba más remedio que elegir la supervivencia de la humanidad, Sion era destruida en el mundo real por las máquinas y Matrix se actualizaba liberando a 23 personas (16 mujeres y 7 hombres) que pasarían a reconstruir Sion y empezar de nuevo el ciclo.

Escapando a pie justo a tiempo, los tripulantes son perseguidos por los centinelas, pero, cuando todo parece perdido, Neo descubre que su poder sobre las máquinas no se limita a Matrix y es capaz de acabar con los centinelas igual que frena las balas en Matrix, aunque se desmaya justo después.

En la segunda parte se presenta la siguiente disrupción: La lógica fría de la I.A.

La segunda parte, presenta como axioma el credo de Morfeo y la confianza en las profecías elaboradas por el Oráculo, para dar un toque de 'locura' a las decisiones enfrentadas con la parte defensiva y militarizada de Sion, que opina que la parte del software y la posibilidad de alterar el funcionamiento mediante la introducción de una mente humana definida como 'anómala' (la mente de Neo, el elegido) desde el punto de vista de la Matrix, es una completa locura, pues nunca antes, una mente humana ha logrado vencer al sistema completo, pues nunca antes a una mente anómala, se le había dado la libertad que se le da en esta segunda parte y en la subsiguiente tercera parte, la cual, se apoya en las dos anteriores, para elaborar una segunda dicotomía, a resolver enfrentado otras dos disrupciones planteadas en el argumento de la segunda parte y la tercera parte, resolviendo así, la diferencia entre concer el camino y andarlo.