Link al rato contesta una llamada de Seraph (Collin Chou) quien enviado por el Oráculo solicita ver a Trinity (Carrie-Anne Moss) y Morfeo (Laurence Fishburne).

Neo, por su parte, se encuentra en una estación de tren que es un puente entre el mundo real y Matrix, ahí conoce a una familia de programas exiliados; Rama-Kandra, padre y esposo a quien Neo había visto en el restaurante del Merovingio (Lambert Wilson), su esposa Kamala y la hija de ambos Sati, una pequeña niña que al igual que su padre reconocen a Neo.

Por otro lado Seraph, Trinity y Morfeo acuden a un bar propiedad de Merovingio, quien había ofrecido recompensa por Neo, Trinity y Morfeo, donde tratan de negociar con él, Merovingio pide a cambio los ojos del Oráculo, pero tras una rápida maniobra en la que los presentes quedan en tablas mexicanas (3 personas amenazándose entre sí), Merovingio acepta liberar a Neo.

Mientras en Zion se prepara una enorme defensa por parte del comandante Lock y del capitán Mifune, quien encabeza un gran batallón de robots maniobrados para disparar contra los centinelas, Mifune además acepta a regañadientes a Kid, un joven muchacho liberado por Neo.

Bane (humano controlado por el agente Smith) se infiltra en la nave e intenta matarlos, pero fracasa, y aunque en la pelea Neo pierde sus ojos, igualmente logra asesinarlo debido a que todavía puede ver el código de Matrix.

Morfeo y Niobe (Jada Pinkett Smith) llegarán a Zion, gracias a Kid quien usando el robot del fallecido capitán Mifune (interpretado por el actor Nathaniel Lees) abre las puertas, a tiempo de disparar un pulso electromagnético, pero esto sólo retrasará la derrota final por breve espacio de tiempo, algo seriamente recriminado por Lock (Harry Lennix), ya que el pulso electromagnético acabó con las últimas defensas de Zion.

Neo deberá dirimir de una vez por todas el conflicto con su némesis —Smith, que equilibra la ecuación— en una épica batalla final entre humanos y máquinas.

Mientras en Zion se prepara la última defensa; usando como cuello de botella la entrada al templo, pero en ese momento las máquinas reciben la orden de Deus Ex Machina de detener su ataque hasta nuevo aviso, Morfeo y luego Niobe se acercan, sabiendo que Neo estaba luchando por la humanidad, mientras tanto Deus Ex Machina le concede una conexión a la Matrix y Neo dice no fracasará en su misión.

Neo sigue combatiendo contra Smith pero los dos aún se mantienen en pie y ninguno decide darse por vencido.