La gestión de recursos hídricos en el Perú presenta diferentes realidades en sus tres principales zonas geográficas: la costa, la sierra y el Amazonas.

La Amazonía Peruana, con la menor densidad de población e infraestructuras del país, cubre la mitad del territorio peruano y da nacimiento al Río Amazonas.

A pesar de los importantes avances, como la reciente creación de una Autoridad Nacional del Agua, todavía persisten varios retos como, por ejemplo: Durante el siglo pasado, el gobierno peruano ha sido la máxima autoridad en cuanto al manejo de los recursos hídricos y el principal inversor en infraestructura hidráulica.

El gobierno peruano ha tenido poca presencia en la zona, así como las inversiones estatales o internacionales.

Así pues, a comienzos del siglo XXI, Perú posee una zona costera con numerosa infraestructura hidráulica controlada por Juntas de Usuarios estructuradas y desarrolladas.

Durante los últimos cinco años, el gobierno peruano ha promovido la modernización del manejo de los recursos hídricos.

Hay una considerable variabilidad estacional en la escorrentía de los ríos, ya que dos tercios se producen entre enero y abril.

Sus 53 ríos, que fluyen hacia el oeste desde los Andes, suministran la mayor parte del agua de la región costera.

Los principales afluentes son Napo, Tigre, Pastaza, Santiago, Morona, Cenepa y Chinchipe.

[5]​ Concretamente, MINAG considera alarmante la calidad de los ríos Moche, Santa, Mantaro, Chillón, Rimac, Tambo y Chili.

[2]​ Además, las 18 instalaciones mineras ubicadas a lo largo el Río Mantaro vierten agua sin tratar en el caudal principal, amenazando el suministro de agua de la planta hidroeléctrica más grande del país.

El sector de abastecimiento de agua y saneamiento en Perú ha logrado avances considerables en las últimas dos décadas, que incluyen el aumento del acceso al agua del 30% al 62% entre 1980 y 2004.

Esto, junto con la falta de incentivos para mejorar el manejo del sector, ha reducido las inversiones a un nivel mínimo, que está afectando a la sostenibilidad del sector[5]​ (véase Agua potable y saneamiento en el Perú).

La extracción de agua no potable para generación hidroeléctrica representa 11.138 millones m³ al año.

Los humedales de Perú cumplen una función importante para las comunidades rurales.

Hoy resulta obsoleto y presenta considerables obstáculos para llevar adelante un manejo integrado, sostenible y efectivo de recursos ya que no reconoce la naturaleza multisectorial del agua, las cuencas como unidad geográfica para el manejo de los recursos hídricos ni al agua como un bien económico.

Esta legislación se encuentra actualmente a la espera de aprobación por la Comisión Agraria del Congreso peruano.

El marco institucional del manejo de los recursos hídricos a nivel nacional está fragmentado.

En 2008, el gobierno peruano creó la Autoridad Nacional del Agua, organismo adscrito al MINAG, absorbiendo la Intendencia de Recursos Hídricos, que se encontraba previamente bajo el control del INRENA.

El Tratado de Cooperación Amazónica, firmado en 1978 por Bolivia, Brasil, Colombia, Ecuador, Guyana, Perú, Surinam y Venezuela, tiene como objetivo la promoción del uso sostenible de los recursos naturales, incluida el agua, en la cuenca amazónica.

Las tarifas de agua en el Perú son un poco bajas en comparación con otros países latinoamericanos.

[14]​ Los agricultores contribuyen con pagos en efectivo por la tarifa de agua y también en especie, con trabajo o materiales, siguiendo prácticas ancestrales.

Las sequías afectan gravemente a la costa sur, generando pérdidas en agricultura como limitaciones en el consumo de agua potable.

[5]​ Los efectos del cambio climático en el Perú pueden verse en las condiciones atmosféricas más extremas tales como sequías e inundaciones, Oscilación del Sur El Niño,[2]​ y el retroceso de los glaciares andinos.

(Véase Impacts of Glacier Retreat in the Andes:Documentary).

Los ecosistemas de las altas montañas, incluidos los páramos (humedales únicos en los Andes del norte) y los terrenos nevados, se encuentran entre los entornos más sensibles al cambio climático.

Aunque se ha avanzado considerablemente en el conocimiento del retroceso de los glaciares y sus consecuencias, los efectos del cambio climático pueden tener un impacto negativo sobre el funcionamiento de los páramos.

El gobierno actual busca la desalinización como una prioridad nacional para adaptarse a la disminución en la disponibilidad de agua cuyo efecto será más severo si el impacto del cambio climático es considerado.

En estos momentos se está estudiando la ampliación de PSI a la Sierra.