Dio positivo en controles antidopaje en tres ocasiones: en el Tour de Francia 1988[1] por testosterona, donde fue penalizado con diez minutos (cayendo desde la 4.ª posición hasta la 11.ª en la clasificación general) y un mes de sanción a cumplir al terminar el Tour de Francia, en la Flecha Valona 1990[2] y en la Subida a Arrate 1990.
En 1996, Theunisse vuelve a participar en competiciones oficiales, esta vez en la disciplina de montaña.
[6] Privado de la movilidad de cintura abajo, se dedicó a rehabilitación, mientras seguía con sus tareas de entrenador en el equipo Specialized durante los meses siguientes, incluyendo a Brentjens y entre otras, a la española Margarita Fullana, futura campeona mundial.
[5] En junio de 1999, sufre un ataque al corazón mientras entrena en Italia.
[10] Se mantiene en activo hasta 2005, participando principalmente en categorías de largo recorrido en Campeonatos continentales y mundiales.