Al producirse la sublevación militar se mantuvo fiel a la República.
En agosto se trasladó con sus fuerzas a Andalucía y participó en la Ofensiva de Córdoba organizada por el general Miaja, que resultó en un estrepitoso fracaso.
En el ataque contra la capital cordobesa, Armentia llegó a mandar una de las columnas republicanas.
[4]En marzo de 1939 se hallaba nuevamente en Cartagena al frente del Parque de Artillería de la base naval, donde conspiraba junto a otros militares en contra del gobierno Negrín.
[5] Llegó a tomar parte en la Sublevación de Cartagena,[6] aunque tras esto fue detenido brevemente por los militares que también se habían sublevado pero eran partidarios del Bando franquista.