[4] En las tres islas habita en los bosques húmedos altos estructuralmente complejos y densos de Zanthoxylum.
[5] La especie G. difficilis fue descrita por primera vez por el ornitólogo británico Richard Bowdler Sharpe en 1888 bajo el mismo nombre científico; su localidad tipo es: «Abingdon (actual Isla Pinta), Islas Galápagos».
[4] El nombre genérico femenino Geospiza es una combinación de las palabras del griego «geō», que significa ‘suelo’, y «σπιζα spiza» que es el nombre común del pinzón vulgar, vocablo comúnmente utilizado en ornitología cuando se crea un nombre de un ave que es parecida a un pinzón, ; y el nombre de la especie «difficilis» que en latín moderno significa ‘difícil’, utilizado cuando una especie es de difícil posición sistemática.
(2015) que analizó 120 individuos representando todas las especies y dos parientes próximos reveló discrepancias con la taxonomía actual basada en fenotipos.
Una de las conclusiones fue que los taxones tratados como subespecies de la presente especie G. difficilis acutirostris, G. difficilis septentrionalis, y también G. conirostris propinqua, deberían ser considerados como especies separadas.