Fue secretario personal del papa Benedicto XVI y prefecto de la Casa Pontificia (2012-2023).

[6]​ Más tarde dijo: «Después de medio año estaba tan harto que me dije, ahora voy a ir al arzobispo y le pediré que me lleve de nuevo a la diócesis porque no puedo soportarlo más...

En 2003 se convirtió en secretario privado del cardenal Ratzinger,[11]​ reemplazando a Josef Clemens.

Luego desayunamos juntos, y mi día comienza revisando la correspondencia, que llega en cantidades considerables».

En 2015, recordando la circunstancia, declaró que había exagerado su oposición y afirmó la importancia de una "sátira sana", realizada sin "herir ni ofender".

En su lectio doctoralis, Gänswein reflexionó sobre la relación entre la Iglesia y el Estado en Italia.

[20]​[21]​ Algunos criticaron el nombramiento como la promoción de un favorito personal a una posición para controlar el acceso al papa y cuyas opiniones conservadoras "confirmarían, reforzarían y alentarían" las de Benedicto.

La mia vita al fianco di Benedetto XVI (Nada más que la verdad.

[33]​ Der Spiegel escribió que Gänswein también informó sobre divisiones e insultos entre bastidores en el Vaticano.

El Vaticano critica a Gänswein por difundir las últimas palabras de Benedicto al mundo.

[34]​ El cardenal alemán Walter Kasper criticó a Gänswein en una entrevista: “Hubiera sido mejor permanecer en silencio.

[42]​ El hecho de que no le dieran un nuevo papel era inusual.

[43]​ Esta medida ya había sido informada anteriormente en los medios de comunicación.

La transferencia también significó que el salario debía ser asumido por la sede episcopal.

[44]​ Según Peter Seewald, biógrafo de Benedicto XVI, la "brutalidad y humillación pública" que recibió Gänswein no tienen "precedentes".

Un nombramiento para un puesto diplomático es una tradición para los ex secretarios papales y se había rumoreado para Gänswein ya en marzo de 2023,[48]​  y una asignación a los Países bálticos se discutió en la prensa en abril de 2024.

[50]​ Gänswein se convierte en el sexto nuncio apostólico activo que no asistió a la Academia Pontificia Eclesiástica, el instituto de formación para los miembros del cuerpo diplomático de la Santa Sede.

[51]​[52]​ El 6 de septiembre del mismo año, presentó sus cartas credenciales al presidente lituano Gitanas Nausėda.

[55]​ El 2 de mayo, se trasladó con Benedicto al monasterio Mater Ecclesiae en la Ciudad del Vaticano.

Le molestó que la prensa acogiera con agrado la decisión del papa Francisco de no vivir en los apartamentos papales y dijo que "Benedicto no vivía en los apartamentos papales por razones egoístas; también era muy modesto".

Desempeño mi servicio en plena armonía con los dos Papas, tratando de fungir como puente entre ambos.

Hasta ahora ha funcionado muy bien y espero que mis dos jefes estén contentos».

La mia vita al fianco di Benedetto XVI (Nada más que la verdad.

[64]​ En una entrevista con Peter Seewald, el arzobispo alemán señaló que no ve a Francisco y Benedicto como "opuestos" sino más bien como complementarios, de forma tal que queda asegurada la continuidad entre los pontificados.

Además destacó que ambos llevan una relación de amistad y fraternidad donde no hay celos ni competencia.

Se han hecho uno o dos cambios, pero eso es parte del curso normal de las cosas.

Cuando se le preguntó si el Vaticano y la Iglesia en general están polarizados en este momento, dijo: “No hay polarización hasta donde puedo ver y no he experimentado ninguna.

Dijo que Benedicto no había participado en la redacción ni autorizado el uso de su nombre.

Calificó el problema como "una cuestión de malentendido, sin poner en duda la buena fe del cardenal Sarah".

[69]​ Sarah ya había negado esa caracterización del papel de Benedicto,[69]​ pero luego pidió a sus editores que hicieran cambios en la forma en que se representaba la participación de Benedicto, aunque su editor estadounidense se negó a hacer ningún ajuste.