Su nombre se asocia con la portentosa obra de ilustraciones Flora Danica.
El rey lo manda llamar a Copenhague en 1751, por una recomendación de Albrecht von Haller.
Oeder establece correspondencia con el obispo y botánico noruego Johan Ernst Gunnerus durante esa época.
[5][6] En 1771, con la caída de Johann Friedrich Struensee y la consecuente crisis en las finanzas estatales, se produce el fortalecimiento de la lucha contra la Ilustración y los círculos antigermanos, Oeder perdió su cátedra.
A continuación, se le dio el poco honorable cargo de Alguacil (Landvogt) en Oldenburg, bajo dominio danés, aunque para ser canjeado por Holstein-Gottorp en 1773.