Fabricius nació en Tondern en Jutlandia Sur, hoy Dinamarca.
Fabricius el mismo año viajó junto con su amigo y pariente Johan Zoega a la Universidad de Upsala, dónde estudió bajo la tutela de Carlos Linneo durante dos años.
Fabricius trabajó principalmente con artrópodos y era un especialista en insectos, clasificó las arañas incluida la viuda negra.
Fue un visitante regular del Museo de Londres, donde estudió muchas colecciones.
La abreviatura Fabricius se emplea para indicar a Johan Christian Fabricius como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.