Cumplida la pena, regresó a Panamá en 1830 y participó en la lucha contra el coronel venezolano Juan Eligio Alzuru.

Cuando Alzuru fue fusilado, Tomás Herrera fue nombrado coronel graduado y comandante general del Istmo de Panamá.

Durante su corto gobierno, la situación del Istmo mejoró; se iniciaron las relaciones exteriores con Costa Rica (país que había reconocido a Panamá como una nación independiente a cambio de que le cediera la región de Bocas del Toro), se organizó la economía, se crearon instituciones públicas, mejoraron las condiciones de salud y educación.

En 1851 estalló una revolución de provincias conservadoras en contra del gobierno del presidente José Hilario López, ante lo cual el gobierno designó comandantes militares para sofocar la sublevación, correspondiéndole a Herrera enfrentar al gobernador de Antioquia, coronel Eusebio Borrero, quien resultó derrotado y terminó con elevar el nombre del general Herrera como genio militar.

Tomás Herrera fue elegido designado a la presidencia de Colombia en 1854 cuando era miembro del Congreso Nacional.

Luego pudo Herrera llegar a Ibagué e instalar el poder ejecutivo, en donde expidió verios decretos destacándose entre otros el que convocó a los congresistas a iniciar sesiones el 20 de julio en Bogotá y que en caso de no poder hacerlo debían reunirse en Ibagué, la suspensión del gobernador de Cartagena Juan José Nieto.

El 15 de julio, Herrera recompuso su gabinete, dejando a Pastor Ospina en el gobierno, a José María Plata Soto en Hacienda, Ramón Matéus en relaciones exteriores y Pedro Alcántara Herrán en Guerra.

Originalmente fue llamada la Plaza del Triunfo y era utilizada para corridas de toros.

[2]​ Actualmente existe una escuela militar en Panamá llamada "Instituto General Tomás Herrera", la cual recibe su nombre en honor a él.