Bourgeois hizo sus pininos en un cargo político electo en 1977, siendo concejal en Izegem.

De 1983 a 1994 ocupó el cargo de Schepen, que correspondería a teniente de alcalde, es decir concejal con funciones ejecutivas.

En 1995 fue elegido a la Cámara de Representantes de Bélgica, reelecto en 1999 y 2003, sesionó hasta julio de 2004; dimitió al ser elegido al Parlamento Flamenco.

Desde entonces, Bourgeois forma parte del Gobierno Flamenco, ocupa el puesto de Ministro de Asuntos Administrativos, Gobierno Local y Provincial, Integración Cívica, Turismo y del Vlaamse Rand, la periferia neerlandófona de Bruselas.

Tras el colapso de ésta en 2001, fundó el partido Nieuw-Vlaamse Alliantie ("Alianza Neo-Flamenca") que dirigió hasta 2004.