Diez años después, en 1994, ya diputado federal, fue implicado en el escándalo de los “enanos del Presupuesto”.

Ha sido diputado federal en cinco legislaturas por el PMDB de Bahía, entre 1991 y 2007.

Fue elegido diputado federal por Bahía para la legislatura 1991 a 1995, habiendo sido reelegido por cuatro veces más.

En 2002 fue víctima, junto con otros parlamentarios, del Escándalo de las Grapas, en el cual varias personalidades tuvieron sus celulares pinchados ilegalmente en una operación dirigida por el gobernador interino, Otto Alencar.

En 2011, Geddel Vieira denunció a la Policía Federal que nuevamente había sido víctima de unpinchazo ordenado presuntamente por el entonces vicegobernador, Otto Alencar.

A pesar de haber sido crítico con el primer gobierno de Lula da Silva, en 2007 Geddel Vieira fue invitado a formar parte del Gobierno y dirigir el Ministerio de Integración Nacional durante el 2º mandato del presidente Da Silva.

Entre 2004 y 2009, Bahía recibió R$133,2 millones, equivalente al 37,25% del total de recursos liberados en el período.

Tras el fracaso, fue nombrado vicepresidente de la Caixa Econômica Federal, cargo que ostentó entre 2011 y 2013.

Precandidato a gobierno del estado, Geddel decide apoyar la candidatura de Paulo Souto a gobernador, ocupando él la vacante de candidato al senado en la lista por la coalición "Unidos por Bahía".

En noviembre de 2016, Marcelo Calero, ministro de Cultura, declaró a la Policía Federal que habría sido presionado por Geddel Vieira, Michel Temer y otros miembros del gobierno para revisar una decisión del Iphan que negaba una licencia inmobiliaria en Bahía.

Según las investigaciones el dinero fuera desviado del fondo FI-FGTS.