Sin embargo, al morir Bermúdez en 1605, el cabildo poblano logró interesar a Fernández, quien dejó Guatemala y nuevamente asumió la sucesión de aquel.
Además, proveyó los ocho Benedicamus Domino que faltaban, uno para cada uno de los tonos.
También indica Fernández composiciones en biscayno, en negro o en indio, según en lo que estén escritos los textos.
Muchos están designados como negro, negrito, guineo o negrilla, y son muestra de la importancia que tuvo la cultura africana en América a principios del siglo XVII.
Misas Antífonas Coloquios Chanzonetas Ensaladas Himnos Invitatorios Motetes Responsiones Romances Salmos Villancicos Otras