El Ejército Imperial Japonés tenía la intención de reemplazar completamente al Tipo 38 con el Tipo 99 hacia el final de la segunda guerra sino-japonesa, pero el estallido de la guerra del Pacífico imposibilitó a este reemplazar totalmente al Tipo 38 y por lo tanto se emplearon ambos modelos durante la guerra.

El Tipo 99 fue el primer fusil de infantería producido en masa que tenía un cañón con ánima cromada, para facilitar su limpieza y aumentar su durabilidad.

Estos fusiles estaban equipados con un depósito alargado y tenían un pequeño entalle cortado sobre la recámara para poder insertar los cartuchos .30-06 Springfield, que eran 8,5 mm más largos.

[4]​ El Tipo 99, al igual que el Springfield 1903, estaba basado en el diseño básico del Mauser alemán, aunque con algunas modificaciones locales.

La cubierta del cerrojo era particularmente muy problemática, por lo que muchos soldados simplemente la desechaban debido a su excesivo cascabeleo.

Sin saber que estaban usando fusiles de entrenamiento, dispararon balas con estos y terminaron dañándolos o siendo heridos.

La bayoneta del Tipo 99 tenía una hoja muy larga y delgada, con acanaladuras para darle rigidez.

[6]​ A pesar de que el fusil Tipo 99 nunca fue exportado a los Estados Unidos en grandes cantidades, hay varios miles de estos disponibles, la mayoría traídos por Marines y soldados que volvían del Frente del Pacífico.

En muchos casos, el Crisantemo Imperial grabado sobre la recámara fue raído por los soldados japoneses que se rendían para salvaguardar el honor del Emperador: esta marca indicaba que el fusil era propiedad personal del Emperador.