Después del alto el fuego de ese mismo año, el cambio en las políticas gubernamentales hacia una economía de mercado occidental, significó que el apoyo cubano a la FAM se redujo.

La FAM es ahora efectivamente una fuerza simbólica, y el presupuesto de defensa se ha reducido al 1,5% por ciento del Producto interno bruto (PIB) de Mozambique.

El número de efectivos alistados en la Fuerza aérea se estima en unos 4.000.

En 2011, el Ejército del aire portugués, ofreció a la FAM dos avionetas Cessna FTB-337, actualizadas con la última tecnología para el uso en operaciones de entrenamiento, evacuación médica y patrulla marítima.

Varios cadetes y oficiales mozambiqueños asisten a la Academia de la Fuerza Aérea Portuguesa (FAP).