Dentro de su predecesor, el Partido Librepensador Alemán (DFP), siempre había habido tensiones entre las alas izquierdista y moderada; otro punto polémico fue el estilo personalista del líder del partido, Eugen Richter.

En consecuencia, Eugen Richter instó con éxito la expulsión de aquellos miembros; otros miembros del ala moderada, incluyendo a Ludwig Bamberger y Theodor Barth abandonaron voluntariamente el partido y formaron la Unión Librepensadora.

El ala liberal-progresista del DFP, leal a Richter, se concentró en un nuevo Partido Popular Librepensador.

Junto con el gobernante Partido Nacional Liberal y, a diferencia del Partido Librepensador, la Unión Librepensadora sí apoyó la carrera armamentista de la Armada Imperial y la política colonial alemana en el exterior.

En las elecciones de 1903 el partido sufrió importantes pérdidas electorales, pero la Asociación Nacional Social (NSV), dirigida por Friedrich Naumann, se fusionó con la Unión.