En marzo de 2004 sucedió a Gerhard Schröder como presidente del partido.
En noviembre de 2005, al no conseguir que la cúpula del SPD nombrara secretario general del partido a su candidato favorito, Kajo Wasserhövel, Müntefering dimitió de su cargo de presidente del partido y fue sucedido por Matthias Platzeck.
Sin embargo, esta medida hasta ahora ha sido bloqueada por la CDU, por lo que, en junio de 2007, Müntefering llegó por primera vez a cuestionar el futuro de la gran coalición.
(Incluso el propio Schröder llegó a mofarse de Müntefering al decir que "la Agenda 2010 [las reformas económicas y sociales] no son los Diez Mandamientos y nadie que participó en ella debería considerarse Moisés".)
Cuando en septiembre de 2008, la cúpula del partido decidió nombrar candidato principal para las elecciones federales de 2009 a Frank-Walter Steinmeier, Beck decidió renunciar a su cargo como presidente del partido.