Běhounek estudió física y matemáticas en la Universidad Carolina de Praga, y más tarde estudió radiología en Francia con Marie Curie.
En 1926 participó en una expedición de Roald Amundsen al Polo Norte con el dirigible Norge.
En 1928, siendo experto en rayos cósmicos, fue parte de la tripulación del dirigible Italia comandado por Umberto Nobile.
Sobrevivió al accidente del dirigible y narró posteriormente la tragedia en su libro Trosečníci na kře ledové.
[2] Trabajó en empresas industriales, instituciones médicas y universidades como científico.