[2]​ También viajó a México un hermano homónimo y más tarde su hermana (o quizás sobrina) Ysabela y Joanes Elizondo, que se habían casado en Oiartzun el año 1590.

El mismo año, 1592, se levantó en la Real Audiencia de México un informe de méritos que no habían sido remunerados presentados por el mismo Urdiñola en julio de 1590 cuya averiguación la llevó a cabo el oidor (juez) doctor Andrés Zaldierna y que se puede considerar como un resumen de los servicios prestados por Urdiñola desde su llegada hasta 1590: Llegó a México hacia 1572, probablemente a Zacatecas, donde había muchos vascos.

En 1579 fue herido por los indios en Nueva Vizcaya en un asalto a las minas de Indé.

En 1580 luchó y pacificó la comarca del Saltillo con el capitán Diego de Aguirre.

A finales de 1581 o principios del 82 el general Rodrigo del Río Losa le nombró capitán de Mazapil sustituyendo por enfermedad a Loys, su futuro suegro.

Vigiló los caminos asegurando el comercio en beneficio de las minas.

El mismo año luchando contra los guachichiles prendió entre otros a la madre, mujer e hijos del capitán Melchor, indio criado entre cristianos.

Allí el jefe rodeado de muchos indios le hizo subir sin arcabuz a un cerro y al ver que, en efecto, así lo hacía lo abrazó y Urdiñola consiguió su asentamiento en las minas de Mazapil.

Se les dio mercedes y privilegios de conquistadores a los indios.

Urdiñola fue nombrado teniente de gobernador y capitán general de toda Nueva Vizcaya y se ordenaba a todas las villas que se le obedeciese.

Y también tuvo industria de transporte, pues en varios documentos se mencionan sus jefes arrieros.

En 1593 vivía en casa de su mujer Leonor, en Río Grande, con ella, su suegra Marina González y sus hijas María e Isabel.

Los tres dijeron que no tenía enemigos y la desaparición quedó archivada.

Ese mismo mes escribe a su empleado Pedro de Chalaz pidiendo no apesadumbrar a Lomas y que se le diera gusto en todo, presintiendo sus maniobras.

[11]​ Más tarde el pueblo tomó como verdaderas las acusaciones, y con la lejanía del tiempo la infame leyenda inventada por Lomas, sostenida por sus dos yernos oidores, transmitida y exagerada de boca en boca, escrita en malos versos por Viesca y adaptada ligeramente por el historiador Portillo y por los que le siguieron ciegamente fue creciendo, llegando a enseñarse en las escuelas, donde se le presentaba como un sanguinario y cruel hombre feudal que asesinó a su mujer, su sobrino y todos los criados, mostrándose en General Cepeda la casa donde sucedieron los crímenes, su coartada, incluso las manchas de sangre, habiendo terminado desaparecido o ahorcado, según versiones de unos u otros.

Sin embargo, el oidor de la Audiencia de Guadalajara respondió pidiendo al rey que no se diesen familiaturas del Santo Oficio con tanta facilidad, pues había quien se resguardaba en ellas, y que se evitasen las amenazas de excomunión que obstaculizasen su quehacer.

Por su parte la Inquisición nombró al capitán Juan Morlete para una averiguación completa, que con gran diligencia examinó a 50 testigos del 22 de enero al 11 de febrero entre familiares, criados, soldados, esclavos y demás, no averiguando culpa alguna.

Los oidores entre tanto aplazaban la conferencia y Urdiñola continuaba preso en la ciudad sin poder atender sus negocios.

Después atravesó Sierra Madre y se dirigió a la provincia de Sinaloa.

Y el 31 de marzo de 1604 envió un informe general de Nueva Vizcaya a las cortes, donde se reveló como estadista haciendo un informe sobre las riquezas y malos empleos, denunciando a latifundistas que compraban minas, pero no las explotaban por no pagar los quintos reales.

Entró en la serranía en 1610, construyendo caminos en sitios que parecía imposible abrirlos.

No se sabe cuándo dejó el mandato, pero en 1615 ya era gobernador Gaspar de Albear.

Gracias a un documento del jesuita Manuel Larramendi (1690-1766), el cual estudió la correspondencia que mantuvo Urdiñola con su primo Martín Pérez Urdiñola y con Sebastián de Zuaznabar, párroco de Oyarzun, sabemos que su intención era volver a su pueblo natal.

Para ello envió dinero para levantar la casa Baldarena, herencia de su abuela, y restaurar el palacio Urdiñola, que consiguió recuperar por esas fechas.

En 1616, teniendo el equipaje preparado para zarpar, un fuerte dolor de espalda le impidió partir.

Dejó 6.000 ducados en Oiartzun para fundar con sus rentas una capellanía perpetua con misas diarias para él y su mujer, y otros tantos ducados para casar anualmente dos huérfanas o para que fuesen acogidas en familias honradas, también en Oiartzun.

[18]​ Existen dos escudos pertenecientes a los Urdiñola, ya que hablamos de dos ramas familiares distintas.

Cuando vendió sus negocios adquirió caseríos y tierras, creando con ellos cuatro mayorazgos, los cuales le proporcionaron una renta segura a él y a sus descendientes.

Romana Urdiñola, mujer de Vicente Artazkoz, levantó un palacete en dicho solar, donde se colocaron el escudo familiar y dos columnas que se alzaban en la entrada del antiguo palacio como testimonio de haber pernoctado en él un rey castellano.

Hay que recalcar que esta familia nunca ha escrito su apellido con "ñ", siempre lo hacían así: "Urdinola", pero como en el idioma natal, el euskara, la "in" se pronuncia "iñ", las últimas generaciones comenzaron a escribirlo con la letra “ñ”, es decir, tal y como se pronunciaba.