Francisco de Mendoza y Pacheco (?-Espira, 1543) fue un eclesiástico español; obispo de Jaén y consejero del emperador Carlos V.
Llegó a Jaén acompañado de su confesor Martín Pérez de Ayala.
Tuvo además el cargo de consejero de Carlos V lo que le llevó a estar parte de su pontificado ausente de la diócesis, y delegó en el licenciado Pedro de Mérida como provisor del obispado.
Acompañó al rey en varios viajes y murió en uno de ellos a Espira.
[2] En ocasiones es mencionado como cardenal, aunque no consta que lo fuera.