Derrotado el ejército hispano, cae prisionero de los turcos y durante dos años padecerá cautiverio junto al capitán y otros oficiales más que habían defendido aquella lejana fortaleza.

Después del fracaso poblador de Espíritu Santo, la Real Audiencia intenta meterlo en la cárcel porque ha fundado sin permiso, pero astutamente evade a las autoridades y volviendo por el mismo camino, logra embarcarse para España y, otra vez por mediación de su influyente hermano, consigue los favores de la Corte y al final conseguirá repoblar el nuevo Espíritu Santo.

Don Francisco recorre la comarca que antes había explorado el fundador de Mérida, Juan Rodríguez Suárez para establecer futuros asentamientos, poblarlos y desarrollarlos convenientemente.

No obstante, lucha por la idea se aboca a la tarea, pero de los ciento doce hombres que logró reclutar, solamente le embarcan cincuenta y cuatro y deja a uno de sus capitanes en España con el exclusivo encargo de reunir soldados, agricultores y artesanos.

Un breve descanso para organizar futuros poblamientos, y mientras manda su gente en misión exploradora, viaja a Santa Fe para discutir en la Real Audiencia ciertas prebendas que le concedieron en España.

Fracasado su proyecto decide dar la vuelta par encaminarse a Santa Fe, donde llegará arruinado, desilusionado y gravemente enfermo.

Después de reponerse física y moralmente, la Real Audiencia le concede las prebendas económicas concedidas por Felipe II, y como tiene una denuncia por reparto de encomiendas, se verá reducido a prisión por unos días.

La Grita es fundada en 1576, y desde esa incipiente base, cabeza y timón de su andina gobernación y de sus incansables aspiraciones pobladoras, irá tesoneramente explorando los territorios comarcales, buscando lugares adecuados para ir poblando, o mandando poblar una serie de ciudades que, por los nombres que les asignó son netamente extremeños.

Probablemente el prefijo "al", debieron añadírselo posteriormente los moriscos, para diferenciarla del enclave andaluz de donde procedían, resultando finalmente que al nuevo pueblo se le conocía con el arabesco nombre de "Algüescar", o "Alcuéscar" como se le denomina actualmente.

Curiosamente a esa villa cacereña, también se le conocía (y se le conoce actualmente) con el nombre de “Alcuésca”; ya que, el nativo extremeño, en su diálogo coloquial, suele "comerse" las eles y las eres que finalizan las palabras.

El que don Francisco de Cáceres fuera de Huesca o de otra ciudad hispana, quizás no le diga nada al investigador venezolano actual que desconozca la geografía extremeña (los antiguos cronistas fray Pedro de Aguado, Fray Pedro Simón y Juan de Castellanos, tampoco eran extremeños y obviamente desconocían las circunstancias repobladoras de ese pueblo cacereño repoblado por los moriscos granadinos) pero si analizamos con mentalidad investigativa los nombres que les dio a los pueblos que fundó en los parajes andinos, con toda seguridad nos hará rectificar la procedencia nativa del gobernador andino.