Francisco de Borja y Miguel

[6]​ Durante los nueve años que había estado vacante el obispado, este había sido gobernado por el deán Juan Manuel Mercadillo y Patiño, un personaje singularmente ambicioso, que había subastado los diezmos cobrados por la diócesis en su propio provecho, e intentado infructuosamente hacerse elegir obispo.A raíz de este incidente, el obispo Borja prestó su apoyo al inicio de los trámites para llevar la sede episcopal desde Santiago del Estero a Córdoba, tras una gran inundación en el año 1673.Por lo demás, fue un prelado bondadoso y amigable, que evitó los conflictos con las autoridades políticas e incluso con el clero local.En 1680 fue nombrado obispo de Trujillo, en el Perú, diócesis que había estado vacante muchos años.Durante su gestión terminó las murallas de la ciudad, que fue sacudida por un fuerte terremoto.