Nacido en el seno de una poderosa familia rioplatense establecida en Santa Fe, sus padres fueron Narciso Xavier de Echagüe y Andía Gaete, y María Teresa Ruiz de Arellano.

Incorporado al Cabildo Metropolitano de Lima (1796) como medio racionero (1796), fue promovido a la canonjía penitenciaria (1797), cargo en el cual fue elegido rector sanmarquino (1802), y una vez concluida su gestión, el cabildo eclesiástico le comisionó asistir al inventario de los bienes dejados por el arzobispo Juan Domingo González de la Reguera (1805) o le encomendó funciones como los de examinador sinodal del arzobispado, visitador general de capillas y patronatos, y comisario general del Tribunal de la Santa Cruzada.

Cuando el arzobispo, quien era español, fue expulsado del país, Echagüe asumió el gobierno arquidiocesano como vicario capitular (1821).

Bajo su presidencia se constituyó la Junta de Purificación Eclesiástica, la cual en colaboración con Toribio Rodríguez de Mendoza, Francisco Xavier de Luna Pizarro y Cecilio Tagle, calificó a los clérigos según sus simpatías patriotas.

Ese mismo año, recibió la Orden del Sol, fue nombrado consejero de Estado y vicario general del Ejército.