Francisco Verdugo (Cuéllar, siglo XV – ya en 1547) fue un administrador, militar y conquistador español, que participó en las conquistas de México y Nueva Galicia.
Ya residía en la isla en 1519, y al año siguiente partió con Pánfilo de Narváez a su expedición a Nueva España.
Verdugo se unió a la armada de Cortés, y fue uno de los capitanes con quien éste consultó la entrada a Tenochtitlan.
Se distinguió en el cerco como gran ballestero, y acompañó a Cortés a la plaza de México mientras Gonzalo de Sandoval hacía prisionero a Cuauhtémoc, último tlatoani mexica de la ciudad.
Entre 1530 y 1533 fue capitán y tesorero de Nuño de Guzmán, partiendo de México el 6 de enero en una expedición compuesta por 150 hombres a caballo, 200 hombres a pie y 500 caballos, rumbo a Nueva Galicia, conquistando las provincias de Cuisco, Tomalá, Nuchistlán, Maxalpa, Suchipila y Elteve.