Su madre Doña Josefa María Bayer, era natural de Castellón, al igual que sus abuelos maternos, D. Pedro Bayer y Doña María Nos Cominges.La familia poseía numerosas tierras en lo que luego sería llamado Benicassim.Por entonces marchó con una beca a Italia, donde además de cultivar su pasión por las antigüedades tuvo la oportunidad de conocer personalmente al gran hebraísta Biagio Ugolino y al futuro monarca Carlos III.Francisco Cantó Blasco afirma que fue precisamente en Benicasim donde Pérez Bayer escribió su última obra.Se trata de una controversia que mantenía con el sabio prusiano Dr. Olav Gerardo Tichen por la obra publicada por Pérez Bayer titulada Vindiciae.Francisco Pérez Bayer fue uno de los personajes más influyentes de la España del siglo XVIII, que desde la Corte supo ganarse la amistad del monarca, ministros, e influyentes personalidades que le permitieron situarse en las más altas responsabilidades políticas, culturales y religiosas del momento.
Inscripción fenicia y griega de Malta interpretada por primera vez por Pérez Bayer (1722).
