Antes había sido gobernador de Venezuela.
No tomó posesión del cargo sino hasta finales de diciembre del mismo año en que llegó a la península de Yucatán.
[2] Dice la enciclopedia Yucatán en el tiempo, que fue Francisco Núñez un militar estricto y de voluntad enérgica, pero quien, desde el inicio de su mandato se caracterizó por su afán de riqueza y que para ello utilizó indebidamente la contratación de los indígenas.
También dice que organizó expediciones orientadas a reducir a los nativos dispersos en la selva de la península de Yucatán.
Participaba el gobernador a pesar de su edad, en una escaramuza militar que se verificaba durante una revista general de armas, cuando su caballo desbocó acarreándole la muerte.