[5] Aunque en un principio Arnaldo Otegi fue acusado de participar en el secuestro, finalmente fue absuelto al no ser identificado por Rupérez como uno de sus captores, siendo condenadas Françoise Marhuenda y Begoña Aurteneche.
Miembro desde 1989 del recién creado Partido Popular (PP),[7] Javier Rupérez facilitó la integración de la Democracia Cristiana en el partido y fue vicepresidente del PP y miembro de su comité ejecutivo hasta el año 2000.
En 1998 fue elegido Presidente de la Internacional Demócrata Cristiana, puesto del que dimitió en el año 2000.
Había sido desde 1988 Vicepresidente de la Unión Europea Demócrata Cristiana (UEDC).
Previamente había estado destinado en Addis Abeba, Etiopía; en Varsovia, Polonia; en Helsinki, Finlandia y en Ginebra, ante las Naciones Unidas.