Su padre, don Andrés Nuño, que había sido ferviente católico, falleció como mártir cristero.
Su madre, doña María Guerrero, fue una mujer sencilla y discreta, también de fe muy viva.
Francisco Javier sólo llegó a estudiar allí hasta el tercer año de secundaria.
Ahí impuso la Adoración Nocturna, la catequesis y sobre todo la Juventud Católica Femenina Mexicana.
Su dinámica acción pastoral y su vida ejemplar atrajeron la atención del papa Pío XII, que lo preconizó para el episcopado de Zacatecas.
Bendijo los terrenos donde funcionaba un dispensario médico, una escuela y una sección deportiva femenina, así como un parvulario.
El papa Juan Pablo II la aceptó y monseñor Nuño regresó a Guadalajara, viviendo en su casa, en Av.