[1]​ Hijo de un farmacéutico alcarreño, cursó su bachillerato en Guadalajara, alcanzando la licenciatura y el doctorado en Farmacia, por la Universidad de Madrid, a los veinte años de edad.

Estudió la flora de la provincia, descubriendo una variedad de zarza a la que bautizaron en su honor con el apelativo de Fernandezii.

Fue uno de los fundadores del Ateneo Científico, Literario y Artístico de Guadalajara, del que fue presidente y socio honorario, dirigiendo su revista.

Fernández Iparraguirre fue un adelantado en España de una de las primeras lenguas construidas, antecesora del esperanto: el volapük.

Escribió una Gramática del volapük y un diccionario volapük-español, fundando en 1885 la revista Volapük.