A principios de 1521 sus padres se trasladaron a Roma y de allí a Nápoles, para volver de nuevo a Roma en 1522, al ser nombrado Luis embajador de Carlos V ante la Santa Sede.

En agosto de 1526 le seguía a la tumba su marido Luis.

Los tres hijos del matrimonio, Gonzalo, Francisca y Beatriz, regresaron a España y su educación y tutela fue procurada por su abuela materna.

Su tío paterno Pedro de Córdoba se encargaría de organizar matrimonios concertados entre sus sobrinos, haciendo que Francisca se casara con Alonso de Zúñiga y Sotomayor, IV marqués de Gibraleón.

Al carecer de descendencia con su esposo Alonso, los títulos pasarían tras su fallecimiento en 1597 a su sobrino Antonio Fernández de Córdoba y Cardona, hijo de su hermana Beatriz.