Por ello cayó en desgracia cuándo Emperatriz María Teresa I de Austria restableció su control sobre sus posesiones en Lombardía.
En este último, Francesco conoció al científico Ruggero Giuseppe Boscovich, quién después se convertiría en uno de sus mejores amigos.
También tuvo la oportunidad de viajar al extranjero y enterarse sobre los nuevos movimientos políticos europeos.
En este contexto, desarrolló una ideología liberal y una simpatía por la Revolución francesa, a pesar de que esto era más tarde mitigado por la desaprobación de los radicales, así como el anti-desarrollo religioso que la Revolución traería.
Cuándo la República italiana estuvo fundada, con Napoleón como jefe de Estado, Melzi d'Eril fue nombrado vicepresidente.
El diario no informó en su muerte, para temer que la noticia podría causar revueltas en Milán mientras el Emperador estaba allí.