También mantuvo su apellido de soltera al contraer matrimonio con Paul Caldwell Wilson en 1913.
En 1929 el nuevo gobernador del Estado, Franklin Delano Roosevelt, la confirmó en su puesto y ella ejerció con mayor energía las funciones que ya había desempeñado durante el mandato de Al Smith: inspecciones a empresas, normas reguladoras del uso de la energía, normas sobre salarios y salubridad en los empleos.
Desde allí, Perkins se convirtió en una de las defensoras del New Deal rooseveltiano, promoviendo iniciativas como el Civilian Conservation Corps, la Public Works Administration y su sucesora, la Federal Works Agency, así como ayudando directamente a elaborar las normas laborales contenidas en la National Industrial Recovery Act.
Asimismo, Perkins apoyó desde su cargo las iniciativas legislativas que después se plasmarían en la Wagner Act, luchando al mismo tiempo por lograr la colaboración de los grandes sindicatos estadounidenses con las políticas del New Deal.
Al estallar la Segunda Guerra Mundial, Perkins reclamó que las mujeres no fueran reclutadas en las fuerzas armadas, sino que se emplearan como mano de obra para reemplazar a los varones que debían ser reclutados para el servicio militar activo, consiguiendo así que un gran número de mujeres se incorporasen a la población económicamente activa de EE.