Durante doce años fue el médico personal del emperador mogol Aurangzeb.

Al regreso, siguió viajando por los territorios del emperador y se encontró con el otro gran viajero francés de Oriente, Jean Chardin en 1666.

En 1685 visitó Inglaterra donde conoció a algunos famosos exiliados franceses como Hortense Mancini o Charles de Saint-Évremond, entre otros.

[1]​ Durante su viaje a la India en 1659, mientras estaba comprometido con una paga con el Grand Mughal (la forma en que los europeos nombraban al gobernante del Imperio mogol), él nota que existen privilegios para las personas con una piel más pálida, por lo que elabora una parentalidad entre la "raza blanca" y la "raza de los mughal".

[1]​ La obra más controvertida de Bernier fue la clasificación racial realizada en Nueva división de la Tierra según las diferentes especies y razas que la habitan, en donde concluía que los nativos americanos, indios, sudasiáticos y norteafricanos eran razas con características físicas distintas a otras.

En ese sentido fue uno de los primeros antropólogos, aunque hay quienes han considerado que la división tiene un fondo seudocientífico racista.