[3][4] Este término fue introducido para describir las señales genéticas geográficamente estructuradas en y entre las especies.
La paleogeografía, geología y paleoecología son los campos que suministran información en los análisis filogeográficos.
Enfoques recientes han adoptado un criterio estadístico más fuerte que la filogeografía hizo inicialmente.
[5][13][14] El cambio climático, tal como los ciclos glaciales de hace 2 400 000 años, ha restringido periódicamente algunas especies en refugios disyuntos.
Estos rangos restringidos pueden provocar cuellos de botella poblacionales que reducen la variación genética.
Una vez que una inversión en el cambio climático permite la rápida migración de las zonas refugial, estas especies se propagan rápidamente hacia un hábitat recientemente disponible.
Las decisiones de conservación se pueden hacer ahora para asegurar que ambos linajes recibieron protección.
Por ejemplo, las comparaciones entre múltiples taxones pueden aclarar las historias de las regiones biogeográficas.
[15] Un planteamiento filogenético comparativo publicado en Australian Wet Tropics indica que los patrones regionales de distribución y diversidad de las especies están determinados en gran medida por las extinciones locales y recolonizaciones posteriores correspondientes a los ciclos climáticos.
Con esta información paleogeográfica contextual (series paleogeográficas temporales que se observan en paneles A-D) los autores de este estudio propusieron una hipótesis nula que no asume ninguna estructura espacial y dos hipótesis alternativas que implican la dispersión y otras limitaciones biogeográficas (las hipótesis se muestran en los paneles E-G, catalogados como SMO, SM1 y SM2).
Los árboles moleculares son asignados en relación con la historia paleogeográfica de la región para un estudio filogeográfico completo.
Aunque este estudio tiene sus limitaciones, recibió atención significativa tanto en los círculos científicos y una audiencia más amplia.
El planteamiento filogeográfico se ha ido tomando para muchas enfermedades que amenazan la salud humana, incluyendo la fiebre del dengue, la rabia, la gripe y el VIH.
Análisis filogeográficos de lenguas antiguas y modernas se han utilizado para comprobar si las lenguas indoeuropeas se originaron en Anatolia o en las estepas de Asia Central.