Es un establecimiento de educación superior público, estatal y gratuito, que funciona desde el año 1906.

Para esto se basa en los grandes pilares fijados por la Universidad Nacional de La Plata la docencia, la investigación, la transferencia y la extensión.

[1]​ La oferta académica incluye siete carreras de grado: Geología, Geoquímica, Antropología y Biología (orientadas en: Botánica, Ecología, Paleontología y Zoología), otorgando el título de Licenciatura.

En esta primera década del Museo, se crearon las cinco secciones principales: Antropología, Geología, Zoología, Paleontología y Botánica.

Se estableció al mismo tiempo, la reorganización interna de la institución basada en Departamentos Científicos.

En este periodo se construyó un espacio para alojar a la Biblioteca Florentino Ameghino, al Posgrado y la Administración, Posteriormente se el segundo para Laboratorios (a realizarse en dos etapas, la primera a inaugurarse en 2013), otro para Investigación y el cuarto “Académico” (ambos en etapa de anteproyecto).

Tiene una publicación científica llamada Revista del Museo de La Plata y la Biblioteca Florentino Ameghino sostiene el repositorio institucional Naturalis que reúne, registra y da acceso a la producción científica de los docentes investigadores de la institución.