[3]​[5]​ Junto con la apertura al público del Museo, en 1888, se nombró a Víctor Grau Bonat como el primer bibliotecario de la biblioteca.

En 1906, año en que se dio la incorporación del Museo a la recién creada Universidad Nacional de La Plata, la suma alcanzaba los 23 770 ejemplares.

[3]​ También se recibieron donaciones, como la biblioteca de Lafone Quevedo, Luis María Torres, Carlos Brunch, Joaquín Frenguelli, entre otros.

En 1920, el entonces director del Museo, Luis María Torres, la trasladó a lo que era el anfiteatro, destinando, además, siete locales auxiliares para el depósito de material.

[2]​[10]​ El nuevo espacio conserva parte del mobiliario original, con una araña de bronce florentino y ocho luces exteriores cuya fundición se realizó en los talleres del ferrocarril y que tiene un peso de aproximadamente 600 kilos.

[13]​ Así, la inauguración del edificio en 2009 habilitó la segunda de las dos sedes en las que la biblioteca funciona.

En la sede Museo se encuentran las colecciones especializadas, principalmente orientadas a la investigación y la docencia.

En la sede Facultad se encuentran los textos de uso frecuente y consulta en el grado académico.

[2]​[3]​[6]​[7]​[8]​ Entre las donaciones más importantes están las de Roberto Dabbene, Augusto C. Scala, Samuel A. Lafone Quevedo, Enrique Fossa Mancini, B. Muñiz Barreto, Joaquín Frenguelli y Carlos Spegazzini.

[12]​ La Facultad de Ciencias Naturales y Museo cuenta con un repositorio institucional llamado Naturalis.

[5]​ Las publicaciones, por otra parte, portaban, visibilizaban y difundían las investigaciones que se realizaban en el nuevo Museo.

Entre estos bienes, estaba el edificio del Museo, junto con sus instalaciones, colecciones y muebles, pero con la aclaración de que los talleres gráficos serían conservados por el Estado Provincial.