Según Gilman, habría nacido en Toledo en 1476 en el seno de una familia de judíos conversos[3]​ y probablemente criptojudíos,[4]​ que reaparece en posteriores procesos inquisitoriales por mantener el judaísmo a escondidas de la Inquisición; su padre habría sido Hernando de Rojas, condenado a la hoguera en 1488; Rojas habría ayudado a miembros de su familia, los llamados marranos o criptojudíos (anusim en la literatura rabínica), afectados por las persecuciones de la Inquisición, e incluso él mismo habría estado bajo sospecha, según infiere Gilman del proceso inquisitorial incoado a su suegro Álvaro de Montalbán.

Aunque tampoco existen documentos que acrediten que estudiara Derecho en la Universidad de Salamanca, se deduce que así fue por los paratextos preliminares de la obra: en "El autor a un su amigo" se identifica como "jurista", en los versos acrósticos (estrofa 7) dice que "vio en Salamanca la obra presente" y que la "acabó" "en vacaciones", y en el acróstico se denomina "bachiller" (equivalente hoy, aproximadamente, a licenciado).

Es dudoso, aunque es razonable suponerlo, que Rojas cursara el Bachillerato en Artes previamente al Bachillerato en Leyes (lo cual era preceptivo en otras universidades pero no en la de Salamanca, que en aquellos años solo lo exigía para los médicos y los teólogos).

[8]​[9]​ Como el Bachillerato en Leyes duraba seis años y en el acróstico a partir de la edición toledana de 1500 figura como bachiller, Rojas tendría unos 24 o 25 años cuando terminó sus estudios y algo menos cuando escribió, total o parcialmente (asunto este muy debatido por la crítica),[10]​[11]​ la Celestina en su versión de 16 autos titulada Comedia de Calisto y Melibea.

Cabe preguntarse si una vez terminados sus estudios hacia 1499-1500 permanecería algún tiempo en Salamanca o establecería su residencia en La Puebla de Montalbán, en donde su padre tenía posesiones y bienes.

Gozó de gran prestigio social y de muy sólida economía según se evidencia en su testamento e inventario de bienes, que registra un capital cercano a los 400.000 maravedíes, suma muy respetable para la época,[18]​ de los cuales casi un tercio correspondían a contratos de censos sobre casas y tierras (semejantes a los préstamos hipotecarios actuales sin que el deudor perdiera sus derechos sobre la propiedad gravada y negocio muy común en la época en toda Europa).

Sin embargo, vivió tan ajeno a los círculos literarios que no hay pruebas de que volviera a dejar señales de su talento literario, ni existen indicios de relaciones comerciales con impresores o libreros, ni ningún literato o comentarista de la Celestina de los siglos XVI y XVII lo relaciona con ella,[19]​ pese a que hasta el día de su muerte habían salido de las imprentas unas treinta y cinco ediciones y hasta mediados del siglo XVII casi noventa, más traducciones al italiano, al alemán, al francés, al inglés, al holandés y al latín,[20]​ todas anónimas (salvo una realizada en Madrid en 1632), sin el nombre del Bachiller en la portada ni en la página del título.

Los encontró en un enterramiento en el centro del presbiterio al pie del altar, y, posteriormente, en presencia de autoridades y de los especialistas en antropología y medicina legal que habían identificado el cadáver, introdujo los huesos en una caja de cobre que depositó en el mismo lugar.

Talavera donó a La Puebla de Montalbán unos restos óseos que reposan en el interior de la estatua erigida ex profeso (sita en la plaza de la Glorieta) para tal fin y en homenaje a su ilustre hijo.