[14]​ En las costas de Brasil y del Río de la Plata se encontraban algunos corsarios ingleses intentando tomar el puerto de Buenos Aires y entrar por allí a la provincia del Tucumán, para luego tomar el camino hacia Charcas.

Como la provincia del Río de la Plata y del Paraguay se encontraba sin gobernador, el virrey le encargó a Fernando de Zárate ambas gobernaciones por conveniencia, para que acuda en la defensa del puerto ante un posible ataque de los corsarios.

Zárate reemplazó a Hernandarias, hombre de prestigio, a quien confió el mando de las tropas que había traído del Alto Perú y Santiago del Estero y al que después nombró su teniente de gobernador.

Como una tormenta hizo naufragar a las naves enemigas inglesas cerca de Santa Catarina, el gobernador aprovechó esa circunstancia para que la gente reclutada en la Gobernación del Tucumán fuera empleada en la construcción del histórico Fuerte de Buenos Aires, sobre las barrancas frente al Río de la Plata.

[24]​ Según los vecinos de entonces, el fuerte era lo mejor que tenía Buenos Aires y toda la provincia.

[19]​ El fuerte era de tierra apisonada, tenía 150 varas en cada lado del cuadrado, lo rodeaba un foso y contaba con ocho cañones.

Se hallaba construido en el mismo lugar que hoy ocupa la Casa Rosada.

Con los socorros del Tucumán, que puso bajo las órdenes del capitán Tejeda, se adelantó a largas jornadas para llegar al puerto amenazado.

En esta última se hizo cargo para reemplazar a Hernando Arias de Saavedra.

Zárate comenzó a residir en Buenos Aires en febrero de 1594, donde organizó su defensa con los hombres que había llevado desde Santiago del Estero, al mando de Tejeda y Vera y Aragón.

Contribuyeron con su deceso las grandes fatigas provocadas por su discurrir incansable y acudir a todas las partes donde se requería su presencia, ya que visitó ambas provincias con tanta vigilancia y se aplicó con gran tesón a su tarea.