Como muchos jóvenes de su clase social, cursó sus estudios secundarios en el Colegio Nacional Buenos Aires, donde también estudiaron Mario Firmenich y Carlos Gustavo Ramus, como él, futuros jefes montoneros.

[3]​Al año siguiente ingresa a la Facultad de Ciencias Económicas con el objetivo de recibirse como Economista, sin embargo, al igual que muchos militantes en la época, termina abandonando complementamente sus estudios en 1967, cuando comienza a involucrarse más políticamente.

En 1967 se integró en dicha célula activista junto a Firmenich y Ramus, conociendo allí a Norma Arrostito, siete años mayor que él, quien se convertiría en su pareja hasta su muerte.

También junto con su hermano Juan Manuel participaron desde 1967 de las reuniones del Movimiento de la Revolución Nacional MRN dirigido por Marcelo Sánchez Sorondo quien en 1969 con la voz de Fernando Abal Medina grabó la proclama del general Eduardo Labanca que fue un intento nacionalista de anticiparse al golpe liberal que preparaban los generales Lanusse y Aramburu pero este intento fracasó y el general Labanca fue detenido.

Afirma Marcelo Sánchez Sorondo que habría sido la frustración de ese proyecto la que llevó a Fernando Abal Medina a descartar a las Fuerzas Armadas como instrumento para alcanzar la soberanía nacional (Memorias de Marcelo Sánchez Sorondo, editorial Sudamericana, página 194), y ya en 1969 Fernando Abal Medina, junto a Ramus, Arrostito y otros militantes generaron el embrión de lo que se conocería -a partir de la muerte del general Pedro Eugenio Aramburu-, como la organización guerrillera Montoneros.

En la ocasión fue detenido por la Policía Federal, junto a García Elorrio, Arrostito y otros.

Estos dos golpes han sido considerados como preparatorios para el impactante operativo subsiguiente.

Dos días después, usando esos y otros vehículos de apoyo, concretaron el secuestro del general Pedro Eugenio Aramburu, primer hecho reconocido públicamente por la organización Montoneros.

La organización Montoneros denominó las acusaciones "juicio popular" (aunque Aramburu no tuvo la posibilidad cierta de ejercer su defensa) y lo condenó a muerte.

Fernando Abal Medina y Sabino Navarro llegaron unos minutos antes de lo acordado, junto a Luis Rodeiro.

Afuera aguardaban Ramus, en un auto robado, y algunos metros más alejado se encontraba Carlos Capuano Martínez en otro vehículo.

[2]​ Una comitiva policial alertada por el dueño del local, que había reconocido a Abal Medina en las fotos que requerían su captura, ingresó sorpresivamente al local.

Abal Medina les presentó a los uniformados credenciales falsas de policía y estos ya se retiraban del bar cuando se inició un fuego cruzado en la vereda: Ramus observó a dos efectivos que se acercaban y comenzó a dispararles, luego intentó arrojarles una granada que explotó en sus manos y le provocó la muerte instantánea.