Fernando Álvarez de Toledo y Mendoza fue el primogénito de los tres hijos del matrimonio entre Antonio Álvarez de Toledo y Beaumont, V duque de Alba de Tormes y de su esposa Mencía de Mendoza Enríquez de Cabrera, hija del V duque del Infantado.

Casó en primeras nupcias en Madrid, el 9 de febrero de 1612, con Antonia Enríquez de Ribera Portocarrero, hija del marqués de Villanueva del Río, quien poco después heredó el título como IV marquesa de Villanueva del Río, falleciendo en Alba de Tormes el 23 de noviembre de 1623.

Por este matrimonio los Álvarez de Toledo heredaron la casa sevillana de los citados marqueses, el Palacio de las Dueñas, destinado a adquirir una gran importancia en el futuro familiar.

Si bien el VI duque no tuvo una participación primaria en el escenario político de la España de su tiempo, fue sí mecenas de escritores como sus antepasados, encontrándose Calderón de la Barca entre sus cortesanos.

Le sucedió en sus títulos su hijo único Antonio Álvarez de Toledo y Enríquez de Ribera.