Tras el paréntesis de la breve guerra húngaro-eslovaca, Čatloš se dedicó a organizar el nuevo ejército eslovaco que meses más tarde participaría en la invasión de Polonia junto a la Wehrmacht alemana, y dos años después en la invasión de la Unión Soviética.

[1]​ Čatloš participó en las primeras fases de la Operación Barbarroja al frente de un cuerpo expedicionario eslovaco; A los dos meses, sin embargo, regresó a Eslovaquia junto a la mayor parte de sus tropas, excepto una brigada móvil que permaneció en la Unión Soviética.

Cuando a finales agosto de 1944 comenzó el insurrección nacional eslovaca, Čatloš mostró una actitud pasiva.

[5]​ No obstante, ya durante los preparativos de la rebelión había mostrado una actitud que basculaba entre la pasividad y la aquiescencia con los conspiradores, pero la antigua cercanía al presidente Jozef Tiso le alejó de todos estos movimientos.

[9]​ En 1947 la Corte Popular Checoslovaca le condenó a cinco años de prisión, pero al año siguiente fue puesto en libertad y pasó el resto de su vida en Martin como clérigo hasta su muerte en 1972.