Un fragmento de mandíbula superior, un maxilar izquierdo con tres dientes, ha sido referido a la especie.
Faxinalipterus es más bien un animal pequeño, con una longitud en el húmero estimada en dieciocho milímetros.
Del maxilar se puede inferir que el cráneo es profundo y de constitución ligera con grandes aberturas.
Los dientes maxilares, probablemente hasta un número de dieciocho, son alargados y recurvados.
Sin embargo, Alexander Kellner ha sugerido que Faxinalipterus puede no ser un pterosaurio propiamente dicho sino un miembro basal del grupo Pterosauromorpha, o puede ser, si la carencia de fusión entre la tibia y el peroné es plesiomórfica, incluso un taxón hermano de los Ornithodira.