Esa polémica ha continuado, tomando diferentes formas, con el también sindicalista Sergio Cofferati.

A pesar de ello, no rompió inmediatamente con la mayoría, sino que no abandonó el PDS hasta 1994 cuando se convirtió en secretario general del Partido de la Refundación Comunista (PRC), sucediendo a Sergio Garavini.

Con el tiempo, el propio Bertinotti desplazaría de la dirección a Cossutta, ganando la mayoría.

Fue reelegido como secretario general en el III, IV, V y VI Congresos del PRC.

Esto provocó una escisión interna, al formar Armando Cossutta y una minoría el Partido de los Comunistas Italianos (PdCI).

Tras la escisión, el PRC vio debilitados sus resultados electorales en las Elecciones al Parlamento Europeo de 1999, aunque Bertinotti fue reelegido eurodiputado.