Una parte de los militantes del PCI se opusieron a esta decisión y dieron vida al Movimento per la Rifondazione Comunista (MRC), luego llamado Partito della Rifondazione Comunista (PRC).

El año siguiente Fausto Bertinotti, ex sindicalista de la CGIL, fue elegido como el nuevo Secretario general.

Entre 1996 y 1998, el PRC apoyó a los gobiernos del centro-izquierda, como parte de la coalición El Olivo, hasta que se distanció por las reformas económicas impulsadas, retirándose de la coalición y forzando a dimitir al Gobierno.

Durante el liderazgo de Bertinotti (desde 1994 hasta 2006), sus tesis se reflejaron en el programa del partido, apostando por el movimiento anti globalización.

En las elecciones generales de 2008 participó en la coalición La Izquierda - El Arco Iris, sin obtener representación parlamentaria.

Tras este fracaso electoral se produjo una nueva escisión del PRC, liderada por Nichi Vendola, que junto a otros movimientos políticos creó la coalición Izquierda y Libertad, que posteriormente se convirtió en el partido Izquierda Ecología Libertad (SEL); mientras el PRC y el PdCI formarán la Federación de la Izquierda (FdS).

El símbolo del partido está así descrito: “dos círculos excéntricos y tangentes interiormente a la derecha.

El segundo círculo, en primer plano, es más pequeño e interior al primero, con fondo blanco y lleva: hoz, martillo y estrella amarillos sobre una bandera roja desplegada e inclinada a la izquierda timbrado por la inscripción en negro RIFONDAZIONE, en la parte inferior aparece la inscripción en negro PARTITO COMUNISTA.