Fue destituido de este cargo debido a un escándalo ocasionado por haber firmado con facsímil, documentos en que se ostentaba con el título de doctor, sin haber realizado los trámites correspondientes en la Universidad de Harvard para la obtención de dicho grado académico, a pesar de contar con los estudios correspondientes.

Se desempeñó también como director general del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (Conacyt) durante el gobierno de Carlos Salinas de Gortari.

Fausto Alzati se tituló como licenciado en Derecho en la Universidad Nacional Autónoma de México en 1995,[2]​ realizó estudios de la licenciatura en ciencias y técnicas de la información en la Universidad Iberoamericana, obtuvo el grado de maestría en administración pública y realizó un doctorado en ciencias políticas en Harvard, para la época en que terminó sus estudios, Alzati fue el segundo mexicano en lograr obtener aquel título en la historia.

El funcionario fue fuertemente criticado por haber firmado como doctor sin haber obtenido el grado académico a pesar de contar con dichos estudios, por lo que en 1995 fue destituido de su cargo de secretario de educación pública durante la administración del presidente Ernesto Zedillo.

En 1997, una vez concluidos los trámites correspondientes, le fue otorgado el título de PhD por la Universidad de Harvard.