Los murciélagos son los únicos mamíferos terrestres nativos que no se extinguieron en Puerto Rico.
Todos los demás mamíferos terrestres que habitan en la isla fueron introducidos por los humanos, y entre ellos se incluyen especies como gatos ferales, venado de cola blanca, el agutí común, la mangosta, y monos macaco rhesus.
Los esfuerzos por la conservación, los más notables por la cotorra puertorriqueña, comenzaron en la segunda mitad del siglo XX.
Se dividió más adelante en las Antillas Mayores y las Menores debido a una nueva falla en las “Proto-Antillas”.
La hipótesis prevaleciente, propuesta por Howard Meyerhoff, postula que la Ribera de Puerto Rico, compuesta por Puerto Rico, sus islas periféricas y las islas Vírgenes a excepción de Santa Cruz, fueron formados por volcanes en el período cretáceo.
Actualmente se discute cuándo y cómo los antepasados de la fauna vertebrada colonizaron Las Antillas, particularmente si las Proto-Antillas eran islas oceánicas o si formaron una vez una conexión de tierra entre América del Norte y América del Sur.
Sin embargo, la otra fauna tal como los insectívoros endémicos de las Antillas (Nesophontes.
MacPhee e Iturralde proporcionan una hipótesis alterna, en la que los antepasados comunes de los mamíferos terrestres llegaron a las Proto-Antillas en el periodo Terciario medio, aproximadamente en la frontera con el Eoceno-Oligoceno.
Luego, durante la fragmentación de las Proto-Antillas, la divergencia y la sustitución adaptativa habrían comenzado.
La riqueza en mamíferos de Puerto Rico, como muchas otras islas, es baja en relación con regiones continentales.
En Puerto Rico existen dieciocho mamíferos marinos, incluyendo manatíes, delfines y ballenas.
Más tarde, los taínos introdujeron jutías como fuente de alimento desde La Española.
Cuando los españoles colonizaron la isla a principios del siglo XVI, introdujeron animales domesticados tales como perros, gatos, cerdos, ganados, caballos, y gallinas.
El animal se convirtió en un icono cultural y científico, cuando Tony Croatto escribió una canción titulada “Moisés”.
Un municipio de Puerto Rico, Manatí, recibe este nombre gracias a la especie.
El total de la especie es un número relativamente bajo con respecto a las otras Antillas Mayores.
Una explicación posible para esto es la distancia comparativamente grande entre el archipiélago y las áreas de dispersión del continente.
Las familias suramericanas que ocupan las Antillas son los Colibríes (Trochilidae), Tiránidos (Tyrannidae), Plataneros (Coerebidae) y Fruteros (Thraupidae), todos ellos representados en Puerto Rico.
Una teoría sugiere que la avifauna colonizó el Caribe al dispersarse transoceánicamente durante los periodos glaciáles del Pleistoceno.
Todas las especies de Ranidae e Hylidae actuales en Puerto Rico fueron introducidas.
Las amenazas a estas especies incluyen la destrucción del hábitat y la captura ilegal de huevos e individuos.
El Caimán de Anteojos, una especie introducida, es el único representante del orden Crocodylia en Puerto Rico.
Las 11 especies de serpientes que se dan en Puerto Rico son, en general, consideradas no venenosas, aunque las investigaciones han concluido que al menos una especie, la Racer puertorriqueña (Alsophis portoricensis), segrega veneno.
Las introducciones accidentales, tales como el bagre Sailfin blindados (Pterygoplichthys multiradiatus), se atribuye principalmente a la liberación de acuario los peces.
Peces de arrecife son comunes doncellas, damiselas, gruñidos blanco (Haemulon plumieri), gruñidos bluestriped (Haemulon Sciurus), reina de loro (Scarus vetula) y tiburones (familia Carcharhinidae).
doradas (Archosargus rhomboidalis) y mojarras amarilla (Gerres cinereus) son algunas de las especies se encuentran comúnmente en los manglares.