A pesar de no saberse con precisión exacta, que asentamientos fueron construidos anteriormente en el mismo lugar en el que ahora se emplazan las construcciones visibles y excavadas de Farfán (en caso de que hubieran tales), se sabe que pasó por tres etapas de ocupación: Lambayeque, chimú e inca.

[2]​ De esta forma, se convertiría en el principal centro administrativo incaico del valle de Jequetepeque.

El complejo se extiende en un área de 4 km², hallándose grandes cantidades del asentamiento Lambayeque anterior al Farfán chimú, reducidos hasta sus cimientos y sepultados bajo tierra o tapadas con nuevas construcciones de afiliación Chimú.

El sitio consiste de seis edificios de adobe con paredes de ladrillo, varias plataformas y construcciones más pequeñas, cementerios y canales.

[3]​ Los muros de los perímetros de los complejos de Farfán fueron construidos casi completamente con adobes rectangulares y planos, al igual que las estructuras de Chan Chan, siendo esto un referente al tiempo en el que fueron construidos.