Entonces Valerine no solo alquila el bote sino que también le contrata para explorar una isla de la región.
La gran cantidad de mercenarios y fuerzas especiales en las orillas eran para que protegieran la isla de cualquier intruso, además era tomado como una orden de los altos mandos: "Si ven Actividad Sospechosa Actúen" y por eso al acercarse son atacados desde la isla con un lanzacohetes, cuyo cohete impacta en el lado derecho del barco, haciendo que este vuele por los aires.
Harlan Doyle, un científico destacado, contactó a Jack Carver por radio y le ofrece ayuda para sobrevivir, indicándole los objetivos en todas las misiones con tal de rescatar a Valerine y también de desbaratar los planes del Científico Jefe Krieger.
El Doctor Krieger, un importante científico destacado en la biología e ingeniería genética y mecánica decide realizar un gran proyecto de nombre "Far Cry Project".
Su plan consistía en crear una raza nueva de especímenes con cualidades superhumanas como resistencia, inteligencia, rapidez y agudizados sentidos básicos.
Para que el plan de Krieger diera frutos debió obtener primates para usarlos en las pruebas.
Pero Krieger no sólo experimentó con animales, sino también con humanos con consecuencias similares a las de los primates.
También había otros trigenos, pero de enorme tamaño que estaban armados con lanzacohetes en sus antebrazos.
Sin embargo Jack termina por matar a Doyle recuperando así el antídoto, tras lo cual activa el sistema de autodestrucción del estabilizador del volcán para destruir la isla al tiempo que consigue escapar junto a Valerie en un barco.
Por ejemplo, los shaders se utilizan con frecuencia en todo los niveles para recrear el agua obteniendo un efecto significativo sobre la calidad visual.
Con la publicación del parche 1,3 se introdujeron efectos HDR (Alto Rango Dinámico) en el CryEngine.