La ciudad fue un gran centro comercial, siendo la capital de la parte oriental del Reino del Bósforo (que antiguamente era considerada Asia), mientras que Panticapea era la capital de la parte occidental (considerada Europa).

[2]​ En el siglo V a. C., la ciudad prosperó gracias al comercio con los escitas y los meotes.

En los primeros siglos de nuestra era, Fanagoria se convirtió en el principal centro comercial y demográfico del reino.

[4]​ La lealtad a Roma de Fanagoria le permitió mantener una posición dominante en la región hasta el siglo IV, cuando fue saqueada y destruida por los invasores hunos.

[5]​ Así mismo se han hallado vestigios de antiguas murallas griegas.